1ª Etapa. Villa romana
La existencia de una villa romana que se desarrolló a lo largo del Bajo Imperio (siglos III al V) es, sin duda, la causa definitiva que determina el origen de la presencia de población con caracter más o menos permanente, al menos durante un largo periodo, en lo que es el emplazamiento actual de Milagros. Hay claros indicios de su existencia. Pero es difícil precisar cómo funcionó y, lo que es más importante, cómo evolucionó en los siglos sucesivos. Serían necesarios muchos estudios arqueológicos para poder clarificar el funcionamiento que tuvo y su evolución posterior. Pero el problema es harto difícil pues los yacimientos están situados debajo de las casas y las calles actuales.
2ª Etapa. Granja cisterciense
Desde el siglo XII hay constancia de asentamiento de gentes, de modo permanente, en lo que antiguamente fue la villa romana. Quizá quedaban restos de edificaciones que fueron la base para el asentamiento de alguna familia. A continuación pasó a depender de los monjes del Monasterio de San Pedro de Gumiel de Hizán (año 1130). Este año el Abad y el monasterio de S. Pedro de Gumiel de Hizán recibieron, por decisión testamentaria de D. García Díaz y Dña. María García, las posesiones que tenían en Milagros. Estos monjes se incorporaron a la reforma cisterciense en 1194. Desde estos años funcionó una granja dirigida por los monjes y en la que trabajaban conversos o hermanos religiosos. Pero a medida que éstos fueron escaseando se emplearon labriegos. Esta situación se mantuvo con algunas alteraciones a lo largo de los siglos hasta que en el año 1418 el monasterio cedió las tierras de la granja en arrendamiento a doce campesinos, que tenían que pagar cada uno la renta anual de 12 fanegas, por mitad trigo y cebada, en total 144.
3ª Etapa. Tierra de señorío
En los primeros años del siglo XVI entró a formar parte del señorío del conde de Miranda, D. Francisco de Zúñiga y Avellaneda. Los campesinos habían logrado cultivar las tierras del monasterio en renta y vivir de sus beneficios; 12 quiñoneros, como dicen los textos de la época. El monasterio cedió sus derechos al conde en 1508, excepto los diezmos. Desde este momento los campesinos tuvieron que pagar las rentas y otros derechos al conde de Miranda. Esta situación se mantendrá con pocas variaciones hasta el siglo XIX. Durante todo este tiempo los campesinos vivieron de la explotación de la tierra pero tuvieron que defenderse de la explotación señorial que buscaba ampliar sus derechos y rentas a costa de ellos.
4ª Etapa. Milagros accede a la condición de municipio
En el Catastro de Ensenada, en los años 1750 a 1754, aparece ya como un núcleo en expansión. A principios del siglo XIX la Guerra de la Independencia acabó con el pueblo de Valdeherreros. Años después, en 1817, Milagros adquirió la explotación de todo el término de Valdeherreros que pertenecía al conde de Miranda, por la renta anual de 112 fanegas de cereal, por mitad trigo y cebada. Con esto Milagros duplicó su espacio. En 1833 con la reforma de Javier de Burgos, Milagros cambia de provincia, pasa de Segovia a Burgos. Adquiere, en los años siguientes, la condición de municipio o pueblo con ayuntamiento propio, anteriormente se le denominaba "lugar". En los años sucesivos el problema esencial fue la lucha de los campesinos por liberarse de los derechos señoriales, al compás de los avatares decimonónicos, de las sucesivas leyes sobre los señoríos y las leyes desamortizadoras. El conflicto por el pago de las rentas no se resolverá hasta el año 1888. Este año pagó al conde de Montijo y Miranda para redimir el censo histórico; con ello los campesinos se convirtieron en propietarios de pleno derecho. Pero paralelamente al hilo de las desamortizaciones, sobre todo de la de Madoz, 1855, se roturan montes y se subastan parcelas de tipo comunal, a medida que aumenta la necesidad de tierra por la presión demográfica. En el censo de 1910 alcanza los 856 habitantes, que es la máxima población que ha tenido. Con el aumento de población y el sistema agrario tradicional se generaron importantes diferencias sociales entre unas familias y otras. La vida rural tradicional con todas sus características se vivió en esta época al máximo.
5ª Etapa. La modernización del municipio
Después de la Guerra Civil los años difíciles de la década de los cuarenta dieron paso a una lenta recuperación que será definitiva en los años sesenta. En efecto, en este periodo se inicia toda una serie de transformaciones:
-Inicio de los regadíos. En 1940 se construye un canal de riego, a medida que se va haciendo el embalse de Linares en el río Riaza, y se amplía en 1953.
-Se realiza la concentración parcelaria durante los años 1965 a 1967.
-Se crea la Cooperativa del vino en 1963.
-Se constituye la Cooperativa del campo en 1966 y se da una fuerte mecanización de las tareas agrícolas.
-Como consecuencia de todo esto se produce una intensa emigración "éxodo rural" que reduce la población a la mitad.
-Modernización de las estructuras del municipio: servicio de aguas corriente, alcantarillado, asfaltado de las calles, reforma y modernización de las viviendas. Todo esto hace que el municipio consiga el primer premio de embellecimiento de la Provincia de Burgos en 1972.
Actualmente mantiene una población de 469 habitantes, dato de 1999. Las formas de vida tradicionales han ido desapareciendo a medida que se ha modernizado el municipio. Mantiene las fiestas de San Antonio Abad, días 17 y 18 de enero, que se completa con la fiesta de la "Manda" al domingo siguiente y la fiesta de la Natividad de la Virgen, días 8 y 9 de setiembre, que es la principal. En verano, sobre todo entre los meses de julio y agosto, se realizan, desde hace años, importantes actividades culturales.